Se você está submetendo a sua monografia em seções, com a metodologia apresentada antes de você realmente realizar a pesquisa, você deve fazer uso desta seção a fim de definir com exatidão o que você projeta fazer.
A metodologia em monografia deve ser ligada à literatura a fim de explicar porque está selecionando aqueles métodos, e qual a base científica que escolheu.
Caso você esteja submetendo como uma única tese, então assim a metodologia vai explicar tudo o que fez, com qualquer alteração que você realizou, à medida que seu trabalho avançou. Novamente, ele deve ter uma justificação acadêmica clara das opções que você tomou e ser embasado na literatura.